tl;dr, wyjątkowo długi. Napisałem artykuł (naukowy) o Covidzie, który wykorzystuję tu jako pretekst żeby opowiedzieć Wam o genach HLA (no i żeby się pochwalić, oczywiście). Wszyscy rzucili się na kowida. Kardiolodzy, endokrynolożki, ekonomiści, osteopaci, dentyści (nie żartuję!) – wszyscy teraz piszą prace o Covidzie. Oczywiście, częściowo z bardzo przyziemnych powodów: artykuły o kowidzie mają teraz dużą widoczność i łatwiej je umieścić w dobrych czasopismach, oraz na badania kowida znalazło się dużo pieniędzy.

tl;dr: Firma Pfizer ogłosiła, że ma szczepionkę na koronawirusa. Co to za szczepionka i jakie mamy dowody, że faktycznie działa? Firma Pfizer, przy współpracy z Uniwersytetem w Teksasie i Uniwersystetem Johannesa Gutenberga stworzyła szczepionkę na koronawirusa. Idea każdej szczepionki jest bardzo prosta: nauczyć naturalne mechanizmy odpornościowe naszego organizmu by same potrafiły walczyć z chorobą. Najczęściej robi się to w ten sposób, że wprowadzamy do naszego organizmu czy to fragmenty białek wirusa lub bakterii, czy to żywym, lecz osłabionym wirusem lub pokrewną bakterię.

Z okazji dnia Darwina, krótka notka uściślająca pojęcia. W przypadku ewolucji, ewolucjonizmu, doboru naturalnego panuje czasem niezłe pomieszanie pojęć. Czy ewolucja jest prawdziwa? Czy to tylko teoria? Czy ewolucja kroczy statecznie, skacze czy może tańczy? Czy ewolucją zajmuje się tylko ewolucjonizm? Czy człowiek pochodzi od Darwina? Darwin ani nie wymyślił, ani nie odkrył ewolucji. Ewolucja, mówiąc w skrócie, to zmiana gatunków w czasie istnienia Ziemi. Zaobserwowano to zjawisko najpóźniej w siedemnastym wieku, kiedy odkryto, że pewne organizmy występują tylko w pewnych warstwach geologicznych, nigdy ze sobą razem.

tl;dr: ponieważ zarzut niefalsyfikowalności teorii ewolucji (sam Popper, panie!) wraca jak nieświeże sardynki, spisałem krótką odpowiedź, żeby mieć pod ręką. Jednym z zarzutów, który wyciąga się przeciw teorii ewolucji jest kryterium falsyfikowalności. Według najprostszej formy tego zarzutu,teoria ewolucji jest nauką historyczną (dotyczącą zdarzeń, które już nastąpiły), więc nie można jej sfalsyfikować, bo nie możemy niczego przewidzieć. Argument podobno wytoczył sam Popper. To jednak jest naiwne rozumienie zarówno metodologii nauki, jak i samej nauki o ewolucji.

tl;dr: Według powszechnego mniemania, Big Pharma zarabia ciężkie krocie na szczepionkach i antybiotykach, wmuszając w nas niepotrzebne leki. W rzeczywistości jest o wiele gorzej. Miałem ostatnio okazję uczestniczyć w dwóch konferencjach na temat światowych problemów zdrowotnych ("global health"), Grand Challenges Annual Meeting i Infectious Diseases in the 21th century. Naukowcy na tych konferencjach są zgodni: nie wiemy, kiedy będzie następna pandemia, nie wiemy też, co ją wywoła (chociaż stawiałbym na jakiegoś nowego wirusa grypy).

tl;dr: światem rządzą sieci bezskalowe. The rich get richer, w nauce jest tak samo, a Nobel to nagroda dla najbogatszych. Można zobaczyć filmik, a na końcu narzekam na to, że mnie nikt nie cytuje, i nikt nie bada nieznanych genów. Artykuł zacząłem pisać dwa lata temu, a teraz zmotywował mnie świetny artykuł z Atlantica. Pierwszy powód jest taki, że robię się coraz starszy, a Nobla nie tylko nie dostałem, ale nawet nie zapowiada się, żebym go kiedyś dostał.

tl;dr: pod pozorem pisania o polityce opowiadam o przedziałach ufności (czyli kapeluszach), korelacji i lokalnej regresji wielomianowej (loess). I odpowiadam na pytanie, czy Schetynie rośnie, i dlaczego, oraz czy Razem wejdzie. Z góry przepraszam za chaos i błędy – zacząłem pisać notkę bardzo dawno temu, i teraz na chybcika skończyłem je na seminarium… “Rośniemy w siłę!” - twierdzi Platforma Obywatelska. “PO jest w natarciu” twierdzi Tygodnik Powszechny, bo “rosną jej sondaże”.

Post scriptum: jak zauważa komentator Bob tekst Budzicza nie jest aż taki zły, jak go namalowałem; poniosło mnie ze względu na dwie rzeczy. Po pierwsze, takie troche lekceważące zbycie dyskryminacji kobiet w nauce nieprawdziwym argumentem o recenzjach; po drugie, naiwne psycho-ewo. – Łukasz Budzicz zadaje pytanie, czy kobiety są głupsze, i twierdzi, że opowie, co o tym pisze nauka. Uznałem, że wypada mi skorygować kilka nieprawd w tym artykule. Najpierw, tradycyjnie, pochwała: w artykule jest sporo źródeł, m.

Pacjentem zero i pierwszą ofiarą był dwuletni chłopiec, który zachorował 2 grudnia 2013 w wiosce Meliandou, w prowincji Guéckédou w Gwinei, w pobliżu granicy Liberii i Sierra Leone. Objawy obejmowały gorączkę, wymioty i czarny stolec. Chłopczyk umarł cztery dni później, a tydzień później umarła jego mama. W Boże Narodzenie zachorowała trzyletnia siostrzyczka chłopca; umarła także cztery dni później. W Nowy Rok, pierwszego stycznia 2014, umarła babcia obojga dzieci. Dwudziestego piątego stycznia 2014 zachorowała położna pracująca w wiosce.

[caption id=“attachment_4076” align=“alignright” width=“300”] Na zdjęciu: Gamal Shiha prezentuje urządzenie C-FAST.[/caption] Kto by pomyślał, że tak niesamowite urządzenie – które w ciągu trzydziestu sekund jest w stanie bezinwazyjnie wykryć [1] HIV albo żółtaczkę zakaźną z odległości nawet pół kilometra – zostanie stworzone przez armię egipską? Urządzenie jest niezwykle proste i składa się z rączki z antenką (patrz zdjęcie obok). Mamy do czynienia z naprawdę znakomitym, porządnie wykonanym, wysokiej klasy kawałem pseudonauki, porównywalnym z włoską zimną fuzją “E-CAT” i pod pewnymi względami nawet lepszym niż ADE 651, wykrywacz wszystkiego, od materiałów wybuchowych po słonie.

Bardzo się ucieszyłem z najnowszego antyszczepionkowego pamfletu, który zaczął krążyć po sieci (jest to nieudolne tłumaczenie z angielskiego oryginału). Ucieszyłem się, bo (a) podaje, jak twierdzi, “fakty historyczne” i (b) podaje nawet źródła. Czyli autorzy wystawiają się do strzału, bo źródła mają to do siebie, że można je sprawdzić; po to są. Nie wystarczy zacytować New England Journal of Medicine; trzeba zacytować poprawnie i ze zrozumieniem, bo inaczej efekt jest odwrotny do zamierzonego.

As such, [the research] was consistent with Facebook’s Data Use Policy, to which all users agree prior to creating an account on Facebook, constituting informed consent for this research." “Experimental evidence of massive-scale emotional contagion through social networks”, Kramer et al., PNAS 2014 Autorzy badali propagację stanów emocjonalnych przez Facebooka. Ponieważ pierwszy autor (Kramer) pracuje w Core Data Science Team Facebooka, autorzy mieli bezpośredni dostęp “od kuchni”. Dlatego pewnie nie zadowolili się analizą, ale przeprowadzili na użytkownikach FB doświadczenie, manipulując ich newsfeedem.

Tak. ALE… Podejrzewa się, że zielona herbata zwiększa metabolizm ze względu na zawartość kofeiny i dużą zawartość katechin (mniej więcej pięć razy tyle co w czarnej herbacie). Te substancje mają prowadzić do zwiększonego tempa przemiany materii i większych wydatków energetycznych organizmu. Czy to prawda? Tak: wiadomo, że zielona herbata zwiększa termogenezę – co samo w sobie nie jest bardzo wyjątkowe, bo podobne działanie ma kawa i różne przyprawy (Westerp-Plantenga 2006).

(takie znalazłem w draftach z czerwca 2012, położę tu. brakuje drugiej części, tj. o tym, kiedy można olać poprawkę na wielokrotne testowanie) Grupa naukowców z uniwersytetu w Pensylwanii pokazała, jak wielki wpływ może mieć muzyka na …nasz wiek. W pierwszym eksperymencie grupie studentów puszczano piosenki dla dzieci. Skonfrontowani z dziecięcymi piosenkami studenci czuli się starzej. W drugim eksperymencie, odwrotnie, puszczano studentom piosenki dotyczące starości (takie jak “When I’m Sixty Four” Beatlesów).

…czasem spędzenie kilku miesięcy w laboratorium oszczędzi pójścia na pół godziny do biblioteki Żyjemy w pięknych czasach: prawie cała literatura naukowa – przynajmniej w naukach przyrodniczych – dostępna jest online. A coraz więcej ważnych artykułów w ogóle jest za darmo dzięki czasopismom open access. Po co czytać artykuły naukowe? Artykuły naukowe zmuszają do większej staranności i precyzji niż artykuły popularnonaukowe czy prasówki. Każdy artykuł naukowy został przynajmniej raz, a najczęściej dwa razy zrecenzowany przez anonimowego recenzenta – często innego, zazdrosnego naukowca.

[caption id=“attachment_3132” align=“aligncenter” width=“500”] Mecz Francja-Prusy w Jenie, ME 1806, 20000:7500[/caption] Przez ostatnie tygodnie byliśmy bombardowani mistrzostwami Europy w piłce nożnej (nawet dosłownie, bo na naszym starym blokowisku w Prenzelbergu po golu Niemiec rzucano petardami z okien). Oglądając jakiś mecz zacząłem się zastanawiać, do jakiego stopnia o wyniku meczu decyduje przypadek. Dajmy na to, drużyna A wygrała z B 3:2; jakie było prawdopodobieństwo, że drużyna A by przegrała? Że wynik byłby 2:3?

Internetsy obiegła wiadomość, że człowiek nie pochodzi z Afryki, tylko z Azji. *“Od­kry­cie w Bir­mie ko­pal­nych szcząt­ków nie­wiel­kie­go zwie­rzę­cia Afra­sia dji­ji­dae ży­ją­ce­go 37 mln lat te­mu sta­wia na gło­wie do­tych­cza­so­wą wie­dzę o po­cho­dze­niu czło­wie­ka. Do­wo­dzi, że gru­pa ssa­ków na­czel­nych, z któ­rych w pro­ce­sie ewo­lu­cji na­ro­dzi­ły się mał­py i lu­dzie, przy­by­ła do Afry­ki z Azji. Przez wie­le lat na­ukow­cy są­dzi­li, że po­czą­tek ewo­lu­cji ssa­ków na­czel­nych miał miej­sce w Afry­ce.”* (Rzeczpospolita)

Motto: “Statystycznie to można badać średnią krajową, a nie zbieżność ideowości” Tym razem zająłem się wynikami ankiety, które wśród kandydatów na posłanki i posłów przeprowadził świetny portal Mam Prawo Wiedzieć. Ankietę dobrowolnie wypełniło ponad 700 posłów, a spora liczba pytań z ankiety polega na wybraniu jednej z dostępnych opcji – zatem można je poddać łatwej analizie statystycznej. Tym razem, obok PCA, zastosuję “uczenie nadzorowane” (supervised machine learning). Głównym problemem w analizie danych z ankiety jest jej podział na części i to, że większość polityków odpowiadała na tylko na mniej niż sześć z szesnastu części ankiety.

Podczas VI kadencji Sejmu RP było ponad osiem tysięcy głosowań. Prawie każdy z posłów głosował wiele tysięcy razy, swoimi głosowaniami manifestując poglądy swoje, swojego klubu albo grupy swoich politycznych współpracowników. Zebrałem dane o głosowaniach każdego posła i poddałem je prostej statystycznej analizie. Chodziło mi przede wszystkim o trzy pytania: jakie grupy wyznaczają głosowania, czy odzwierciedlają przynależność partyjną, czy może też inne rzeczy czy badając głosowania można dostrzec zmiany zachodzące w obrębie partii, albo powstawanie nowych partii?

Na obrazku: Pochwalę się: wykładam w budynku, w którym mieszka ptak z tego zdjęcia. Blog przymiera. Od kilku tygodni mam bowiem w realu wierne (choć nie całkiem dobrowolnie) grono słuchaczy. No to i czasu mam mniej, i motywacja do pisania jakby mniejsza. Za to tematów mam całe mnóstwo! Przepraszam, że nie będzie ani o paleniu, ani o facebooku. Haplochromini[1] to grupa pielęgnic – a pielęgnice, jak wiadomo, wychowują swoje młode w buziach.

Londyn w 1854 nie był przyjemnym miejscem do życia. W XIX populacja Anglii, a szczególnie Londynu rosła wykładniczo. W latach czterdziestych i pięćdziesiątych doszła fala emigrantów z Irlandii, uciekających przed Wielkim Głodem. Warunki mieszkaniowe i sanitarne, które podówczas panowały w niektórych częściach Londynu, przypominały raczej to, co dziś znamy z więzień brazylijskich albo obozów dla uchodźców. W okolicach Bethnal Green Rd, zwanych The Rookery, wiele rodzin tłoczyło się w pojedynczych pokojach,rookeries – nazwa pochodzi stąd, że gawrony (rooks) tworzą kolonie złożone z wielu rodzin.

Janusz Korwin Mikke na swoim blogu przytacza pocieszną anegdotę o tym, jak zdawał egzamin z topologii: *Teraz tylko dla matematyków: w czasie sesji egzaminacyjnej u śp.Karola Borsuka wpadłem na chwilę na IX piętro PKiN, gdzie mieścił się Wydział Matematyki - bo umówiłem się z jedna panną (już wspominałem, że dziewczyn była u nas większość?). Trafiłem na grono siedzące przed drzwiami. Drzwi się otworzyły - i wyleciała taka jedna, zapłakana. “Dwója?

Ponieważ mój list do gazety w sprawie artykułu “Geny – gdzie ta rewolucja?” nie doczekał się nawet odpowiedzi w stylu “pocałuj nas w nos, króliczku” (co skądinąd jest w pełni zrozumiałe), poniżej cytuję go w całości. Date: 2010/4/1 Subject: Nie samochody, tylko rowery – artykuł Margit Kossobudzkiej “Geny – gdzie ta rewolucja?” To: redakcja@gazeta.pl, konrad.sadurski@gazeta.pl, nauka@gazeta.pl Cc: slawomir.zagorski@gazeta.pl, margit.kossobudzka@gazeta.pl Szanowni Państwo, pani Margit Kossobudzka w artykule “Geny – gdzie ta rewolucja” (NR 77.

They certainly seem to fit the temperament of a cell with a short lifespan and suicidal “killer instinct” — Papayannopoulos & Zychlinsky, 2009 Jeśli obejrzeć pod mikroskopem kroplę płynu z naszych organizmów, to okaże się, że wypełniają je tysiące drobnoustrojów. Drobne komórki poruszają się, pełzają, reagują na przeróżne bodźce i ogólnie bardziej przypominają inwazję jakiejś choroby niż komórki naszego ciała – którymi w istocie są. Ba, niektóre z nich nawet nie mają dokładnie takiego samego genomu jak my.

Nadeszła jesień, i jak zwykle o tej porze roku, szaleje konsumpcjonizm. Wystarczy przejść się przez jedno z wiadomych miejsc, by brodzić po kolanach w tym, co kilka miesięcy temu zostało wyprodukowane przez najbardziej zaawansowane nanotechnologie, a dziś jest już tylko zetlałym, zniszczonym i porzuconym odpadem. Na obrazku: Liściaste i iglaki: dwie ewolucyjne strategie na jesień Drzewa zrzucają jesienią liście, bo inaczej liście zamarzłyby na mrozie. Jest to proste wyjaśnienie, i jak wiele innych prostych wyjaśnień, prawie całkowicie błędne.